Die Auszahlung der Gelder erfolgte im Jahre 2009 über das Amt für Landwirtschaft und Forsten. Wie der amtierende Landrat Anton Westner mitteilte, wird auch das neue Bayerische Vertragsnaturschutzprogramm (Eler-Programm) gut angenommen. Die ausgelaufenen Verträge bzw. die Neuanträge können nach dem neuen Eler-Programm für die Förderperiode 2010 bis 2014 neu abgeschlossen werden. Im Jahre 2009 wurden 141 Bewertungen mit einer Vertragsfläche von rund 190 Hektar bearbeitet.

Nach den Worten von Naturschutzreferent Heinz Huber geht es bei den Programmen darum, die „ökologisch wertvollen Lebensräume für die heimischen Tier- und Pflanzenarten sowie die Vielfalt, Eigenart und Schönheit der Natur und Landschaft als Lebensgrundlage der Menschen zu sichern, zu entwickeln und zu verbessern.“ Durch die Verträge soll der arbeitswirtschaftliche Mehraufwand angemessen ausgeglichen werden, der dem Eigentümer oder Nutzungsberechtigten bei der naturschonenden land-, forst- oder fischereiwirtschaftlichen Bewirtschaftung eines Grundstückes entsteht. Wichtig ist dabei eine einvernehmliche Zusammenarbeit mit den Grundstückseigentümern. Anton Westner dankte diesen für die gute Zusammenarbeit.

Im Rahmen ihrer Zuständigkeit hat die Untere Naturschutzbehörde am Landratsamt Pfaffenhofen zehn Biberfanggenehmigungen für 2008/2009 an die Gemeinden und zuständigen Biberfänger in Problemgebieten erteilt. Insgesamt mussten 78 „Biberfälle“ bearbeitet werden. Bei 19 Schadensfällen durch Biber in Land-, Forst- und Teichwirtschaft leistete der Landkreis staatliche Ausgleichszahlungen in Höhe von knapp 4.000 Euro. Zudem führte das Bayer. Staatsministerium für Umwelt und Gesundheit im Jahr 2009 eine Kartierung der Bibervorkommen im Landkreis Pfaffenhofen durch. Die Kartierung wurde dabei von der Unteren Naturschutzbehörde in Zusammenarbeit mit dem Bund Naturschutz in Bayern koordiniert.

Im Naherholungsgebiet „Feilenmoos“ wurden vom Landratsamt auch im Jahr 2009 wieder 14 Toilettenkabinen und 2 Behindertentoilettenkabinen aufgestellt. Rund 16 Tonnen Abfall sammelte der Ökotrupp des Landkreises Pfaffenhofen im Naherholungsgebiet ein. Die Polizeiinspektion Geisenfeld hat in der letzten Badesaison 250 Verwarnungen und 15 Anzeigen ausgesprochen. In erster Linie waren Falschparker betroffen, die Rettungswege zugestellt hatten.