Im Freistaat Bayern besteht ein dreigliedriges Aufnahmesystem:
Erste Station für Asylbewerber und den meisten sonstigen Flüchtlingen im Land sind die Erstaufnahmeeinrichtungen. Hier wird der Asylbewerber registriert und auf übertragbare Krankheiten untersucht z. B. mit Hilfe eines Röntgengerätes. Das für das Asylverfahren zuständige Bundesamt für Migration und Flüchtlinge (BAMF) unterhält Außenstellen, welch die Asylanträge der Asylbewerber entgegennehmen und sie im Asylverfahren anhören.

Von den Erstaufnahmeeinrichtungen werden die Asylsuchenden und Flüchtlinge auf die Landkreise und Städte nach den entsprechenden Quoten in Gemeinschaftsunterkünften oder sogenannten dezentralen Unterkünften (Privatwohnung) untergebracht.